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Broad Institute, Intel y Google avanzan en la investigación biomedica

Imagen: Intel – 2021

Novedades:  como resultado de una colaboración continua con Intel y Google Cloud para acelerar la investigación genómica, el Broad Institute of MIT y Harvard ha optimizado sus flujos de trabajo para instancias N1 y N2 de Google rápidas y rentables. En comparación con la implementación inicial de cargas de trabajo en Google Cloud, la colaboración resultó en una reducción del 85% en el costo del procesamiento de datos después de la optimización 1 .

“Sabíamos que la nube permitiría un nivel completamente nuevo de federación de datos y colaboración, y podíamos trabajar con otros para crear un ecosistema de datos basado en la nube, donde los investigadores podrían combinar sus flujos de trabajo en más de los datos que generaron con otros conjuntos de datos para enriquecerlos. , experimentos computacionales más potentes «.

–Geraldine Van der Auwera, directora de divulgación y comunicaciones de la Plataforma de Ciencias de Datos, Broad Institute of MIT y Harvard

Cómo funciona:  para adaptarse a un aumento dramático en la generación de datos genómicos y la demanda de investigación computacional, Broad Institute migró sus cargas de trabajo a instancias de Google Cloud N2. Al modularizar sus flujos de trabajo de canalización, dimensionar correctamente las instancias de la nube en función de las necesidades de la carga de trabajo y optimizar para los procesadores escalables Intel® Xeon®, los usuarios de Broad Institute pueden ejecutar sus flujos de trabajo de genómica en Google Cloud aproximadamente un 25% más rápido y a un costo un 34% menor. mediante la implementación en instancias N2 con procesadores escalables Xeon 1 .

Intel se ha asociado con Broad Institute desde 2017, lo que ayuda a optimizar las canalizaciones del instituto y el kit de herramientas de análisis del genoma (GATK) con las bibliotecas de Intel, incluida la biblioteca Intel® Genomics Kernel. Juntos, también administran el Intel-Broad Center for Genomic Data Engineering, un proyecto que permite a los investigadores e ingenieros de software de todo el mundo crear, optimizar y compartir ampliamente nuevas herramientas e infraestructura que ayudarán a los científicos a integrar y procesar datos genómicos.

Intel trabajó con Broad Institute para ayudar a optimizar sus canalizaciones en Google Cloud. Por ejemplo, los núcleos específicos en Genome Analytics Toolkit están optimizados para operaciones vectoriales con Intel® Advanced Vector Extensions 512 (Intel® AVX-512). Algunas funciones de almacenamiento optimizadas utilizan la biblioteca de aceleración de almacenamiento inteligente Intel® (Intel® ISA-L).

Buscando hacer realidad una visión más amplia del ecosistema de las ciencias de la vida, el Broad Institute, Microsoft y Verily desarrollaron conjuntamente la plataforma Terra, una plataforma escalable y segura para que los investigadores biomédicos de todo el mundo accedan a los datos, ejecuten herramientas de análisis y colaboren. Terra está construida sobre una infraestructura en la nube, lo que permite al Broad Institute escalar fácilmente y empoderar a la comunidad de investigación con nuevas capacidades para el beneficio de la investigación de soluciones para enfermedades humanas.

Por qué es importante: la  genómica ha cambiado la forma en que se realiza la ciencia biológica. Con la ayuda de Intel y Google Cloud, Broad Institute está a la vanguardia de la innovación, permitiendo y ayudando a acelerar la investigación genómica. Al migrar a la nube y optimizar las cargas de trabajo para las instancias de Google Cloud, Broad Institute resolvió sus desafíos de capacidad de almacenamiento y capacidad computacional de una manera escalable y con visión de futuro. La construcción conjunta de la plataforma Terra permitió al Broad Institute empoderar no solo a sus equipos de investigación, sino también a los científicos de la vida de todo el mundo, para permitirles aprovechar estas herramientas y canalizaciones optimizadas, y para habilitar un ecosistema de datos federados que abre muchas oportunidades interesantes. nuevas posibilidades para la investigación biomédica.

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